Univerzitet je prekinuo rad 1941. godine, kada je zemlja okupirana od strane nemačke vojske. Posle oslobođenja, 1945. godine, nova vlast ga je obnovila.
Pod okriljem Beogradskog univerziteta obrazovali su se univerziteti u Novom Sadu, Nišu, Prištini i Kragujevcu, kao i u današnjoj Podgorici. Broj studenata na Univerzitetu stalno se povećavao u posleratnom periodu. Veliki priliv studenata bio je podstaknut liberalizacijom upisa i pravom na vanredno studiranje. Posle izvesnog vremena, upis je ograničen upisnim kvotama za svaki fakultet, a pravo na upis stiče se na osnovu rezultata na kvalifikacionom ispitu i uspeha u srednjoj školi. Od kraja pedesetih godina organizovane su postdiplomske studije za sticanje akademskog naziva magistra nauka, koji je, počev od 1966. godine, postao preduslov za prijavljivanje doktorske disertacije.

Nakon krize devedesetih godina prošlog veka, Univerzitet u Beogradu se krupnim koracima vraća u internacionalnu akademsku zajednicu. Primljen je za člana Evropske i Međunarodne asocijacije univerziteta, a uključio se i u različite oblike međuuniverzitetske saradnje. Intenzivirana je međunarodna razmena nastavnika i studenata. Univerzitet u Beogradu je spreman da zadrži i unapredi svoju poziciju vodeće visokoškolske ustanove u regionu, adaptirajući se izazovima novog vremena ali istovremeno i čuvajući ono vredno u svojoj tradiciji, zbog čega je i prepoznatljiv kao pravi nacionalni brend.

Početkom 1905. godine izglasan je Zakon o Univerzitetu koji je zajemčio autonomiju Univerziteta. Univerzitet u Beogradu predstavljao je središte naučnog, obrazovnog i kulturnog života i centar otpora svakom totalitarizmu. Njegov visoki ugled pronosili su i Milutin Milanković, Vladimir Ćorović, Đorđe Tasić i drugi.